Deep Agents Code 在两个目录层次结构中存储数据：

• - **~/.deepagents/** — Deep Agents 专用数据（代理记忆、技能、会话）
• - **~/.agents/** — 工具无关数据（跨 AI CLI 工具共享的技能）

目录结构

~/.deepagents/
├── .state/                  # Per-machine Deep Agents Code state (managed automatically)
│   ├── sessions.db          #   SQLite database for conversation checkpoints
│   ├── history.jsonl        #   Command input history
│   ├── chatgpt-auth.json    #   ChatGPT OAuth token for the openai_codex provider
│   ├── ...                  #   Other markers & credentials
└── {agent}/                 # Per-agent directory (default: "agent")
    ├── AGENTS.md            # User customizations to agent instructions
    ├── skills/              # User-level skills
    │   └── {skill-name}/
    │       └── SKILL.md
    └── agents/              # Custom subagent definitions
        └── {subagent-name}/
            └── AGENTS.md

~/.agents/                   # Tool-agnostic alias (shared across AI CLIs)
└── skills/                  # Skills available to any compatible tool
    └── {skill-name}/
        └── SKILL.md

{project}/                   # Project-level (in git repo root)
├── AGENTS.md                # Project instructions (root-level)
└── .deepagents/
│   ├── AGENTS.md            # Project instructions (preferred location)
│   ├── skills/              # Project-specific skills
│   │   └── {skill-name}/
│   │       └── SKILL.md
│   └── agents/              # Project-specific subagents
│       └── {subagent-name}/
│           └── AGENTS.md
└── .agents/                 # Tool-agnostic project skills
    └── skills/
        └── {skill-name}/
            └── SKILL.md

内容存放位置

优先级规则

当同一项目存在于多个位置时， **更高优先级完全胜出** （不合并）。

技能

优先级顺序（从低到高）：

1. ~/.deepagents/{agent}/skills/ — 用户 Deep Agents Code
2. ~/.agents/skills/ — 用户工具无关
3. .deepagents/skills/ — 项目 Deep Agents Code
4. .agents/skills/ — 项目工具无关 *（最高）*

加载技能时，Deep Agents Code 会验证解析的文件路径是否保持在这些目录之一内。解析到所有技能根目录之外的符号链接会被拒绝。要允许符号链接目标位于其他目录，请参见 [[skills].extra_allowed_dirs](/oss/python/deepagents/code/configuration#skill-directory-allowlist).

子代理

优先级顺序（从低到高）：

1. ~/.deepagents/{agent}/agents/ — 用户级别
2. .deepagents/agents/ — 项目级别 *（最高）*

每个子代理都是一个 AGENTS.md 文件，包含 YAML frontmatter（name, description，可选 model）和用于系统提示的 markdown 正文。请参阅 在 Deep Agents Code 中使用子代理 获取完整的格式参考。

指令

所有指令源都会 **合并** （而非覆盖）：

1. 包基础提示词 *（始终加载）*
2. ~/.deepagents/{agent}/AGENTS.md *（追加）*
3. .deepagents/AGENTS.md *（追加）*
4. AGENTS.md 在项目根目录 *（追加）*

.deepagents vs .agents

清理